Fue un gran pesar para la orden Jedi cuando el Conde Dooku renunció voluntariamente a su comisión. Un hombre resuelto, las ideas de Dooku muchas veces se enfrentaban a las del consejo Jedi a pesar del hecho de que su mentor anterior, Yoda, tenía una alta posición en el consejo. Sus opiniones desafiantes fueron repetidas a menudo por su antiguo Padawan, Qui-Gon Jinn, otro Jedi varias veces desafío al consejo.
Dooku era un idealista político. Él se sentía que los Jedi se debilitaron sirviendo a una institución tan corrupta como la República. Después de su salida, él desapareció por años, reapareciendo como un político que aventaba las llamas de la rebelión en la galaxia. En un corto tiempo, Dooku reunió a millares de sistemas a su causa, construyendo un movimiento separatista cada vez mayor que amenazó dividir la República.
Oportunistas que trabajan en el nombre de Dooku iniciarían focos de violencia en toda la galaxia, Los Jedi se veían bastante abrumados a la hora de cumplir su deber de mantener la paz en la galaxia. El consejo Jedi se negó a pensar que Dooku era el causante de la turbulencia en la galaxia.
Pero los Jedi no se dieron cuenta de lo que había detrás. Escondido en el elegante carisma y las discusiones políticas bien fundamentadas, Dooku había sido corrompido por el poder del lado oscuro. Después de su salida de la orden Jedi, Dooku fue seducido al lado oscuro por Darth Sidious, el Oscuro Señor del Sith. Por la tradición Sith, Dooku Adopto el nombre de Darth Tyranus y agrego las mentiras, el engaño y la traición, a su formidable arsenal.
En ambos lados, Dooku comenzó a reclutar agentes para que se unieran a la causa de la caída de la Antigua República. Como Tyranus, se contactó con el Cazarecompenzas Jango Fett para que sirviera de modelo para hacer un ejército clon, oculto en Kamino. Como Dooku, el incentivó la avaricia de los barones del comercio para consolidar sus fuerzas, para así poder desafiar a la República.
En las profundidades de las piras de Geonosis, Dooku presidió una reunión para crear formalmente la Confederación de Sistemas Independientes. Los senadores separatistas junto a representantes del Gremio de Comercio, la Federación de Comercio, la Alianza Corporativa, El Clan Bancario y la Techno Union. Reunieron sus recursos para formar la fuerza militar más grande de la galaxia. Los separatistas estaban listos para la guerra.
El Caballero Jedi Obi-Wan Kenobi descubrió la reunión y advirtió a la República, pero fue capturado. Dooku reveló a Obi-Wan la verdad sobre la República –El Senado esta bajo el Control de un Sith que se hace llamar Darth Sidious-, desconfiando de la palabra de Dooku, Obi-Wan Kenobi no quiso creer y rechazo la idea de que la El Senado de la República fuera corrupto.
Kenobi, se unió a Anakin Skywalker y Padmé Amidala, que habían venido a Geonosis a rescatarlo. Dooku puso a los tres héroes en una arena de ejecución, pero sus muertes fueron evitadas por la oportuna llegada de los refuerzos Jedi.
Los ejércitos separatistas rodearon a los Jedi, y más adelante el ejercito de Clones liderados por el Maestro Yoda rescataron a los sobrevivientes. Dooku escapó, pero fue interceptado por Skywalker y Kenobi. Los dos Jedi desafiaron a Dooku en un duelo de sables, pero las habilidades magistrales de Dooku en el combate con los sables de luz en el viejo estilo hizo breve el combate con los Jedis más jóvenes, dejando a los dos fuera de combarte, otro Jedi llego al hangar secreto de Dooku.
El Maestro Jedi Yoda enfrentó a Dooku, ambos se unieron en una titánica lucha entre los poderes de la fuerza, ni una ni otra prevalecieron. Vino el duelo con los sables de luz, con movimientos rápidos de ambos adversarios, pronto Dooku se dio cuenta que no podía vencer a Yoda. Entonces puso en peligro a Skywalker y Kenobi, Yoda tuvo que intervenir. Dooku aprovechó el momento para huir.
Los Jedi supieron que uno de los suyos había sucumbido al lado oscuro, pero aún eran inconscientes de su lealtad Sith. A bordo de su nave estelar el Solar Sailor, Dooku llego a un distrito industrial abandonado de Coruscant, allí se reunió con su maestro, Darth Sidious y le dio las buenas nuevas.
La Guerra de los Clones había comenzado.
Dooku había estudiado los caminos de la fuerza por casi ocho décadas, aunque su última lealtad no estaba en los estructurados protocolos de la orden Jedi, sino a sus propias intuiciones e ideales. Su sentido fuerte de independencia lo hizo enfrentarse con muchos, incluso con su mentor, Yoda, quien tenía dificultad para contener su ímpetu.
A pesar de su terquedad, los Archivos de los Jedi registran a Dooku como un Jedi formidable. Resolvió conflictos en numerosos mundos por todas partes de la galaxia y no tenía rival en el estilo clásico de combate con el sable de luz. Dooku era un hombre de carácter notable y de gran linaje. Su herencia familiar en Sereno también fue un aporte, que utilizó en su carrera política como líder de los separatistas.
Después de dejar la orden Jedi, Dooku desapareció por años. Reemergió por primera vez en Raxus, haciendo un discurso retórico sobre la corrupción del senado y la autocomplacencia de la Orden Jedi en la corrupción de la República. Desde ese tiempo su base de operaciones pasó a ser móvil, mientras el viajaba de mundo en mundo fomentando la secesión y dirigir un movimiento separatista que pronto desarrollo una cohesión alarmante.
No se sabe cuando Dooku abandonó la luz para pasarse al lado oscuro de la fuerza, aunque varias veces en el pasado hizo varias cosas prohibidas por el código. Los rumores abundan, dicen que Dooku estaba familiarizado con las enseñanzas de los Sith, almacenadas en un holocrón oscuro mantenido en los Archivos Jedi.
Con las Guerras Clon, Dooku, ahora Darth Tyranus abrazó completamente las enseñanzas antiguas de los Sith. Una de sus primeras compañas consistió en dirigir una antigua arma Sith contra las fuerzas de la República y los Caballeros Jedi.