Un venerable aunque rebelde maestro Jedi, Qui-Gon Jinn es un estudiante de la Fuerza Viva, No como otros maestros Jedi que ofrecen más atención a la meditación en la Fuerza unificadora, Qui-Gon Jinn vivió para el momento, respondiendo a la filosofía de “siente, no pienses, usa tus instintos.” Donde Qui-Gon siempre se enfrentaba sin duda al Consejo Jedi.

Qui-Gon Jinn estuvo por largo tiempo reticente a tomar un aprendiz Padawan, dado al fracaso con su segundo estudiante. Xanatos era el hijo de Crion, el hombre más rico del planeta Telos. El tenía un muy alto conteo de midi-clorianos en su sangre, incitando a Jinn a tomarlo como aprendiz. Crion estuvo de acuerdo que le dejaran a su hijo entrenarse como Jedi.

Aunque los talentos de Xanatos eran innegables, su alto nacimiento y actitud ofrecida lo hacían chocar con otros estudiantes. Para la prueba final de Xanatos, el Maestro Yoda envió a él y a Qui-Gon de vuelta a Telos, donde una guerra civil se preparaba. El padre de Xanatos imploro a su hijo que se uniera a sus fuerzas en vista de controlar el planeta. Xanatos estaba de acuerdo y Qui-Gon se encontró en una guerra con su propio estudiante. Jinn fue forzado a matar a Crion en batalla, y un enfurecido Xanatos peleo con su mentor. Aunque Qui-Gon derrotó a Xanatos, el no podía matar a su propio Padawan.

La derrota de su estudiante tuvo obsesionado a Qui-Gon por años por derrota, desmintiendo sus anteriores triunfos como educador y refiriéndose a Xanatos como su primer aprendiz.

Aunque había prometido nunca más entrenar a un Padawan, Qui-Gon eventualmente formaría conexión con un adolescente Obi-Wan Kenobi en una misión en Bandomeer. Yoda deseaba que Obi-Wan se convirtiera en el tercer aprendiz de Qui-Gon. Eventualmente, Qui-Gon gue capaz de vencer su recelo, y tomo a Kenobi como su Padawan. El camino no siempre fue suave, su relación sufrió cuando Obi-Wan quiso abandonar la orden para ayudar en la guerra civil de Melida/Daan. Eventualmente, e inquieto, los dos se reunieron. Crecieron como un formidable equipo.

A petición del Supremo Canciller Valorum, Qui-Gon y su aprendiz Padawan Obi-Wan Kenobi viajaron a Naboo a arreglare la disputa y traer la paz al planeta. A bordo de la Nave de Guerra de la Federación de Comercio, los Jedi fueron emboscados, pero se las arreglaron para escapar a la superficie de Naboo.

En los pantanos de Naboo, Qui-Gon rescato al torpe gungan, Jar Jar Binks, quién juro una deuda de vida al Jedi. Qui-Gon compasivo por naturaleza, tomo al extraño alienígena bajo su protección. Con su ayuda, viajaron a la ciudad de Theed. Ahí, ellos se encontraron con la Reina Amidala y la sacó de las garras de la Federación de Comercio, y la llevaron a salvo a Coruscant.

Mientras duraba el viaje a la capital, los daños en la Nave Real forzaron a una parada no planeada en el borde exterior en el mundo de Tatooine. Ahí, Qui-Gon descubrió a un joven niño esclavo llamado Anakin Skywalker, quien era dotado en la Fuerza. Sintiendo el potencial del niño, Qui-Gon lo libero de la esclavitud. Mientras salían de Tatooine, Qui-Gon casi fue matado por un oscuro guerrero, quien el sospechaba que era un Señor Sith.

El maestro Jedi entonces viajo a Coruscant a presentar a Anakin al Consejo Jedi. El Consejo, sin embargo, sintió que el futuro de Anakin se veía nublado e incierto, y dijeron que el niño era demasiado viejo para comenzar el entrenamiento y peligrosamente lleno de miedo y rabia. Rehusaron dejar a Qui-Gon entrenar a Anakin, pero el maestro Jedi de todos modos mantuvo a Anakin bajo su tutela cuando volvieron a Naboo.

En Naboo, Qui-Gon y Obi-Wan se enfrentaron al Señor Sith Darth Maul, El atacante de Qui-Gon en el desierto. Maul era un mortal y temible oponente. Juntos, Obi-Wan y Qui-Gon mantuvieron a raya los ataques del señor Sith, pero al progresar la batalla, el Maestro y aprendiz fueron separados. Maul presiono su ventaja bajando las defensas de Qui-Gon y finalmente matando al Maestro Jedi. Obi-Wan entonces derroto a Maul, pero nada podía salvar a Qui-Gon. Con su último aliento, el Maestro Jedi pidió a Obi-Wan que entrenara a Anakin, una petición que Kenobi acepto.

Poco tiempo después, el cuerpo del maestro Jedi fue cremado en un funeral en que habían muchos, incluyendo a Anakin, Obi-Wan, Jar Jar y varios miembros del Consejo Jedi.

Años después cuando Anakin vivía momentos críticos para su destino y mientras era monitoreado por el Maestro Yoda, este último pudo distinguir la voz de Qui-Gon tratando de detener a Anakin. “¡Anakin, Anakin, Nooo!”. Mientras el atribulado Padawan mataba a los moradores de las arenas en Tatooine.