Cuando Yoda tenía 700 años de edad, sirvió al consejo de Maestros Jedi que instruian a los nuevos estudiantes a bordo del masivo recipiente de entrenamiento en Chu’unthor. La nave choco en el planeta Dathomir. Los Maestros Jedi intentaron liberar el recipiente de sus pantanosos confines pero fueron repelidos por las hermanas de la noche Dathomirianas.
Mucha de la historia de Yoda es desconocida. Justo antes de los tiempos oscuros que acompañaron la caída de la República, Yoda entreno al Rey Gannathaniano Empatojayos Brand in los caminos de la Fuerza. Otro de sus estudiantes fue el poderoso Qu Rahn.
En esos tiempos Yoda sobresalía en la detención de la destrucción que produjo el Jedi Oscuro Bpfassh. Ono de esos señores oscuros había llegado a Dagobah, donde Yoda lo enfrento directamente. El Jedi Bpfasshi murió, su fuerza oscura fue absorbida in un torcido y cercano arbol –Formando un nexo con el lado oscuro. Se cree que Yoda escogió Dagobah como lugar de escondite por la oscuridad que emanaba del árbol. Desde la distancia, quienes usaban la fuerza como el Emperador no detectarían a Yoda desde que la brillante presencia del maestro fuera cancelada por la oscura presencia del lado oscuro de Bpfasshi.
Al comenzar la Guerra Civil Galáctica, el mayor historiador de la Alianza Arhul Hextrophon fue investigando historias sobre el Maestro Jedi cuando se cruzo con la evidencia de la existencia de Yoda en la Universidad de Charmath. Hextrophon viajó a Dagobah, donde conoció a Yoda. Yoda borro de la mente de Arhul cualquier conocimiento del maestro Jedi. Incluso, juró a Arhul el secreto, y lo dejo irse. A un lado de sus diarios personales, el creyó que Hextrophon no se lo contaría a ni una alma.
Yoda sirvió en un importante rol en el Consejo Jedi. Cuando los jóvenes Padawan comenzaban sus primeros pasos en el entrenamiento Jedi, ellos estaban bajo la guía de Yoda. Muchos de los más grandes Jedi de la República estuvieron bajo el entrenamiento de Yoda cuando niños –Estudiando en grupos llamados clanes-. Una vez que las esperanzas de la orden crecían lo suficiente, aproximándose a sus años de adolescencia, ellos eran asignados a un caballero Jedi mayor o a un Maestro Jedi para continuar su entrenamiento personalizado.
Fue otro peligroso e inquietante rompecabezas para Yoda mientras la República colapsaba alrededor de él.
Cuando el Imperio se alzo de las cenizas de la República, los agentes del emperador fueron enviados para eliminar a los Jedi. Yoda se fue a esconder en los distantes pantanos del planeta Dagobah. Ahí, el espero pacientemente por la llegada de la nueva esperanza y el fin del lado oscuro en la galaxia.